Biaya yang diperkenankan untuk mengurangi pendapatan hanya biaya yang dikeluarkan untuk mendapatkan,menagih dan memelihara penghasilan. Dari definisi ini biaya-biaya lembaga perlu dihubungkan atau dikaitkan dengan pendapatan yang diperoleh. Dengan demikian, sisa lebih (pendapatan dikurangi biaya) versi pajak pasal 25 dapat dihitung.

Pendapatan yang bukan tergolong sebagai obyek pajak dan biaya-biaya yang terkait dengan pendapatan ini tentu tidak diperhitungkan. Untuk pendapatan yang sudah dipotong pajak final seperti bunga deposito,obligasi maka biaya yang berhubunganpun tidak berpengaruh terhadap perhitungan pajak pasal 25.

Pendapatan yang termasuk obyek pajak akan memiliki biaya-biaya yang terkait (biaya usaha) dan akan mengurangi pendapatan untuk perhitungan sisa lebih (surplus). Sesudah surplus diketahui maka pajak pasal 25 akan dikenakan dan dihitung.

Dari cara perhitungan diatas,maka lembaga HARUS mampu memisahkan besaran biaya-biaya yang tercatat dalam pembukuannya menjadi 3 kategori biaya mengikuti kategori pendapatan diatas. Pajak pasal 25 HANYA dikenakan atas sisa lebih pendapatan yang merupakan obyek pajak. Dalam akuntansi, pendapatan ini dikategorikan sebagai pendapatan tidak terikat.

Jadi bila lembaga nirlaba hanya memiliki pendapatan dari sumbangan atau hibah saja, maka berapapun biaya yang tercatat tidak akan berpengaruh terhadap kewajiban pajak pasal 25. Tidak akan ada selisih lebih karena pendapatan dianggap sebagai NOL.

Selain sumbangan/hibah, jika lembaga memiliki pendapatan bunga dari bank atau pajak yang sudah dipotong pihak lain Final,maka tidak ada pengaruhnya atas kewajiban pajak pasal 25. Pemotongan final ini artinya pajak sudah dibayar lewat mekanisme pemotongan. Jadi berapa besarpun biaya yang dikeluarkan terkait dengan pendapatan jenis ini tidak diperhitungkan.

Bagaimana bila lembaga memiliki pendapatan dari jasa komersial? Pada kondisi ini, lembaga harus dapat mengidentifikasi biaya-biaya yang terkait dengan pendapatan ini. Identifikasi ini penting, karena bila biaya yang terkait lebih besar jumlahnya dibanding dengan pendapatan komersial,maka lembaga memiliki selisih kurang (defisit atau rugi). Dalam kasus ini, tidak ada pajak pasal 25 yang terhutang. Sebaliknya, bila biaya yang terkait dapat diidentifikasikan dan ternyata lebih kecil dari pendapatan maka lembaga dikatakan memiliki selisih lebih. Atas selisih lebih inilah pajak penghasilan pasal 25 dikenakan.

Pengecualian pengenaan pasal 25 atas selisih lebih diberikan pada lembaga pendidikan dan atau penelitian pengembangan. Jadi kedua jenis lembaga ini bila memiliki pendapatan lebih besar dari biaya atau surplus-selisih lebih dari pendapatan komersialnya, maka pengenaan pajak ditunda sepanjang selisih lebih tadi diinvestasikan kembali untuk pendidikan/penelitian pengembangan. Palin g lama 4 (empat) tahun sudah harus direalisasikan investasinya. Bila tidak, atau masih ada sisa sebagian yan g belum diinvestasikan pada akhir tahun ke 4, maka dianggap sebagai penghasilan komersial pada tahun ke 5.

Identifikasi atau penggolongan biaya ke jenis-jenis pendapatan tentu tidak mudah. Sering terjadi biaya untuk seluruh jenis pendapatan, misalnya gaji direktur lembaga, sewa ruang kantor, gaji akuntan,administrasi, sekertaris, biaya listrik, telfon dan sebagainya ? kita sebut ini sebagai biaya bersama.

Alokasi biaya bersama

Gaji dan tunjangan untuk direktur, akuntan dan sekertaris lembaga, biaya listrik untuk kantor, telfon,air,internet dan biaya lainnya, karena berkaitan dengan seluruh jenis pendapatan maka harus dialokasikan dengan metode tertentu. Mudahnya alokasi dengan persentase saja. Artinya untuk pendapatan yang paling besar akan mendapat pembebanan biaya bersama yang paling besar. Sampai saat ini belum ada peraturan pajak belum ada yang secara jelas mengatur alokasi ini. Namun dari logika keuangan nampaknya alokasi persentase ini dapat diterima.

Alokasi ini dibutuhkan karena biaya bersama timbul untuk membantu kegiatan atau upaya memperoleh pendapatan. Pendapatan itu sendiri ada yang obyek pajak dan ada yang bukan. Sehingga alokasi ke pendapatan yang tepat akan berpengaruh terhadap besaran pajak terhutang.

Tabel Sisa Lebih menurut Perpajakan

Sisa lebih yang diperoleh lembaga nirlaba dalam bidang pendidikan dan/atau bidang penelitian dan pengembangan (yang telah terdaftar pada instansi yang membidaninya) yang ditanamkan kembali dalam bentuk sarana dan prasarana kegiatan pendidikan dan/atau penelitian dan pengembanganyang diselenggarakan bersifat terbuka kepada pihak manapun, dalam jangka waktu paling lama 4 (empat) tahun sejak diperolehnya sisa lebih tersebut dikecualikan sebagai obyek PPh. Sarana dan prasarana kegiatan pendidikan dan/atau penelitian dan pengembangan meliputi :

• Pembelian atau pembangunan gedung dan prasarana pendidikan, penelitian dan pengembangan termasuk pembelian tanah sebagai lokasi pembangunan gedung dan prasarana tersebut;
• Pengadaan sarana dan prasarana kantor, laboratorium dan perpustakaan;
• Pembelian/pembangunan asrama mahasiswa, rumah dinas guru, dosen atau karyawan, dan sarana prasarana olahraga, sepanjang berada di lingkungan/lokasi lembaga pendidikan formal.

Mekanisme pelaksanaannya dengan demikian adalah : bila pada tahun yang bersangkutan lembaga pendidikan memiliki selisih lebih atau laba, maka laba tadi harus dipisahkan ke dalam suatu rekening khusus pengembangan pendidikan. Yayasan pendidikan kemudian harus memberitahukan rencana pengembangan ini ke aparat pemerintah yaitu Dirjen Dikti/Dirjen Pendidian Dasar dan Menengah atau yagn ditunjuk serta tentu saja kepada Kepala Pelayanan Pajak dimana yayasan berdomisili.
Isi pemberitahuan ini kurang lebih menginformasikan bahwa yayasan memiliki rencana pengembangan kedepan dan untuk itu menyisihkan sisa laba setiap tahunnya. Akan lebih baik jika juga dilampirkan rencana fisik sederhana dan perkiraan biaya yang diperlukan.

Untuk aktiva tetap seperti gedung dan sebagainya yang dibangun dengan dana pengembangan ini, tidak boleh dilakukan penyusutan. Jadi tidak diperkenankan setelah bangunan berdiri menghitung penyusutan dan kemudian membebankannya kepada pendapatan periode mendatang.